Ο Νικόλαος Παυλίδης γεννήθηκε και μεγάλωσε στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου. Αποφοίτησε από την Ιατρική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Ειδικεύθηκε στη Παθολογία στην Πανεπιστημιακή Κλινική του Νοσοκομείου «ΕΥΑΓΓΕΛΙΣΜΟΣ». Μετεκπαιδεύτηκε και εξειδικεύθηκε στην Ογκολογία σε Αντικαρκινικά Ιδρύματα των Ηνωμένων Πολιτειών της Αμερικής και Αγγλίας. Εργάσθηκε ως Επιμελητής στο Αντικαρκινικό Νοσοκομείο «ΑΓΙΟΣ ΣΑΒΒΑΣ» στην Αθήνα.
Από το 1988 και έως το 2016 υπήρξε Καθηγητής Ογκολογίας στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Από το 1990 συμμετείχε ως Πρόεδρος, Γραμματέας ή Μέλος Επιστημονικών, Εκπαιδευτικών και Ερευνητικών Οργανισμών στην Ευρώπη, με έδρες τις Βρυξέλλες, το Μιλάνο και το Λουγκάνο. Από το 2010 είναι 'Επισκέπτης Καθηγητής στο Νοσοκομείο "Al Wadi" του Καΐρου στη Αίγυπτο. Από το 2016 είναι Ομότιμος Καθηγητής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και Συντονιστής Εκπαίδευσης της Ευρωπαϊκής Σχολής Ογκολογίας με έδρα το Μιλάνο, συντονίζοντας το εκπαιδευτικό έργο σε Ευρώπη, Μέση Ανατολή και Λατινική Αμερική. Το 2017 διετέλεσε Κοσμήτορας της Ιατρικής Σχολής, του Πανεπιστημίου Κύπρου.